Ruột là ống thẳng có 3 đoạn gồm ruột trước, ruột giữa nơi hấp thu thức ăn và ruột sau nơi tiêu hoá thức ăn. Khi đường ruột tôm ở trạng thái tốt nhất, thức ăn được tôm tiêu hoá triệt để, hấp thu nhanh, chuyển hóa thành thịt tôm cao nhất.  

Khi tôm khỏe, đường ruột tôm ở trạng thái tốt nhất, tôm tăng trưởng tốt nhất, hệ số chuyển hóa thức ăn FCR thấp nhất. Tôm mau rút size, rút thời gian nuôi, tiết kiệm chi phí, tăng hiệu quả nuôi trồng, tăng giá trị sản phẩm, tăng lợi nhuận. Đường ruột tôm và gan tôm có mối liên quan quan trọng, cơ quan nào suy yếu, sẽ ảnh hưởng trực tiếp cơ quan còn lại và ngược lại, ruột tôm khỏe sẽ tăng cường hỗ trợ các cơ quan khác, trong đó có gan. 

Ruột tôm được đánh giá khoẻ khi ruột chứa đầy thức ăn, đường phân to, dài, chắc. Khi ruột tôm khỏe, tôm tiêu hóa thức ăn nhanh, hấp thu triệt để, chuyển hoá tối đa chất dinh dưỡng trong thức ăn thành thịt tôm, tôm tăng trưởng nhanh, mau về size lớn. Khi ruột tôm khỏe, phân thải ra dài, to, chắc, khó rã, phân không có hiện tượng sống, phân không hôi, màu phân tương ứng màu thức ăn. Ruột tôm xấu, tôm có biểu hiện ruột không đầy thức ăn, lỏng ruột, ruột đứt khúc, trống ruột, ruột teo nhỏ, có nhiều dịch trong ruột. Bóp nhẹ thân tôm, dịch hoặc thức ăn di chuyển qua lại trong ruột. Tôm có ruột yếu thường ăn ít hoặc bỏ ăn, tôm tiêu hoá thức ăn chậm. Đường ruột yếu phân thải ra mềm, dễ tan rã trong nước, trong vó, có hiện tượng phân sống, phân có mùi hôi, cọng phân nhỏ. Đường ruột yếu, tôm thường mềm vỏ, rớt đáy, rớt cục thịt, tăng trưởng rất chậm. 

Thức ăn với hàm lượng dinh dưỡng đầy đủ sẽ giúp tôm tăng trưởng nhanh chóng. 

Khi ruột tôm bị xấu, sẽ ảnh hưởng đến số lượng và chiều dài nhung mao, thường khi ruột tôm xấu, nhung mao thưa, ngắn. Khi ruột tôm xấu, số lượng vi sinh vật có lợi trong ruột giảm, gia tăng vi khuẩn có hại. Khả năng tiết và hoạt lực Enzym tiêu hoá giảm, dịch tiêu hoá tạo ra từ tuyến gan, tụy và ruột giữa rất hạn chế. Tần suất co thắt sóng nhu động đẩy thức ăn xuống các đoạn ruột xảy ra chậm, kéo dài tần suất/trong thời gian 1 phút (bình thường 3 – 5 lần/phút), các vận động phản nhu động (nhu động ngược) xảy ra ở ruột giữa yếu, ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng tiêu hoá, tốc độ hấp thu, tỷ lệ chuyển hóa thức ăn thành thịt tôm theo chiều hướng thấp, kém, chậm. 

Nguyên nhân ruột tôm chuyển xấu do thời tiết, khí hậu, diễn biến xấu. Chất lượng môi trường nước nuôi kém, khi độc như NH₃, NO₂, H₂S, tảo độc…dinh dưỡng dư thừa, hình thành phân huỷ hữu cơ, gia tăng hàm lượng, độc tính. Thức ăn kém chất lượng, hàm lượng đạm không phù hợp tuổi tôm, giai đoạn phát triển, định lượng thức ăn không phù hợp và dinh dưỡng bổ xung thiếu, ảnh hưởng đến sức khoẻ, khả năng đề kháng, miễn dịch của tôm giảm nhanh.

Do mầm bệnh như ký sinh trùng Enterocytozoon hepatopenaei (EHP), vi khuẩn Vibrio Parahaemolyticus, V. Vulnificus, V. Alginolyticus xâm nhập từ bên ngoài vào đường ruột tôm. Các ký sinh trên phá vỡ niêm mạc ruột, làm tổn thương thành ruột, gây viêm ruột, hoại tử ruột. Chúng ký sinh trong ruột, gây tắc ruột, lỏng ruột, tiết ra độc chất. Chúng ngăn cản khả năng tiết và làm giảm hoạt lực Enzym tiêu hoá, dịch tiêu hoá tạo ra từ tuyến gan, tụy và ruột giữa.  

Những biện pháp chủ động hỗ trợ đường ruột tôm bao gồm nuôi tôm nước nâu, vàng vỏ đậu, màu trà…thành phần chính là tảo khuê Chaetoceros sp., Skeletonema sp. Tảo trong ao nuôi tôm giữ vai trò quan trọng trong việc lọc nước, hấp thu khí độc, hạn chế phân huỷ hữu cơ, hạn chế rong đáy, rong nhớt, rong đuôi chồn…phát triển trong ao nuôi tôm. Duy trì màu nước trên, độ sâu mức nước 30 – 45 cm bằng vi sinh có lợi, bằng vôi nóng CaO bón ban đêm hay vôi nông nghiệp, vôi canxi CaCO₃ bón ban ngày. Sử dụng thức ăn chất lượng, đủ chất dinh dưỡng, điều chỉnh hàm lượng đạm theo tuổi tôm, theo trọng lượng tôm nuôi, theo thời gian nuôi, giai đoạn nuôi, hoặc theo size tôm.

Thăm khám sức khỏe tôm thường xuyên để bổ sung dinh dưỡng hợp lý.

Tháng nuôi đầu, bà con sử dụng hàm lượng đạm 38 – 40%, từ tháng nuôi thứ 2 đến thu hoạch, tăng dần hàm lượng đạm 42 – 45%. Định lượng thức ăn theo giai đoạn ương, nuôi, sử dụng cỡ viên thức ăn theo thời gian ương, nuôi. Ví dụ khi tôm đạt size 100 con/kg, lượng thức ăn dùng 40 – 45 kg/1 tấn tôm trong ao/ngày. 80 con/kg, thức ăn dùng 36 – 38 kg/1 tấn tôm trong ao/ngày. 60 con/kg, thức ăn dùng 32 – 35 kg/1 tấn tôm trong ao/ngày hoặc Tôm cỡ ≤ 100 – ≤ 80 con/kg, ăn trung bình 8-10 kg/lần (ăn 5 lần/ngày).

Tôm cỡ ≤ 80 – ≤ 70 con/kg, ăn trung bình 7- 8 kg/lần (ăn 5 lần/ngày). Nên cho tôm ăn đủ, tốt nhất là cho ăn hơi thiếu, khoảng 70 – 80 % so nhu cầu thực tế của tôm, không cho tôm ăn dư, tôm dễ bị bị đường ruột, gan tụy, ốp thân, ngơi tôm… Canh nhá, sàng ăn, siphon đáy, hố ga, cân trọng lượng thân tôm, điều chỉnh hợp lý lượng thức ăn cho tôm. chế phẩm sinh học, men tiêu hoá thành phần như Protease, Amylase, Cellulase, Phytase…hỗ trợ đường ruột, Beta glucan, chất hỗ trợ gan như Sorbitol, Methionine, Choline, Inositol, tăng cường đề kháng thông qua bổ sung Premix, chất khoáng, acid hữu cơ…trộn chung thức ăn hoặc đánh trực tiếp xuống môi trường. Bổ xung vi sinh nhóm Bacillus, Lactobacillus, Saccharomyces… Bổ xung Probiotic, Prebiotic…bổ sung các acid amin thiết yếu, hỗ trợ đường ruột tôm. Định kỳ sổ và diệt ký sinh trùng.